Der Jura ist ein kleiner, gut abgrenzbarer Gebirgszug. Der Name Jura wurde erstmals im Mittelalter verwendet. Von ihm leitet sich auch der Name der geologischen Jura-Zeit ab, der 1829 eingeführt wurde. Charakteristisch für den Jurabogen sind Kalksedimente aus der Jura-Zeit, die in flachen Meeren abgelagert wurden. Am Ende der Jura-Zeit und in der Kreide-Zeit fand anschliessend kaum noch Sedimentation statt, weil sich das Massiv langsam aus dem Meer emporhob. Die Morphologie des Jura wurde im 19. Jahrhundert beschrieben und diente als Standardmodell für die Beschreibung anderer Gebirgszüge (Jura-Morphologie). Der halbmondförmige Gebirgszug erstreckt sich über fast 350 km und ist in manchen Teilen bis zu 65 km breit. Auf topografischen und geologischen Karten sticht die Gebirgskette deutlich hervor.
Die halbmondförmige Gestalt des Jurabogens ist auf den Schub der Alpenbildung zurückzuführen, der das Gelände zusammengestaucht und aufgeworfen hat. Die Jurakette wird durch eine Reihe von Tiefebenen begrenzt: die Bresse im Westen, das Genferseebecken im Osten, den Rheingraben und die Belfort-Lücke im Norden. Im Nordwesten kommt sie mit den Hochebenen der Haute-Saône (Pariser Becken) in Berührung und erreicht hier mit der Ognon-Verwerfung ihre geologische Grenze. Im Süden, insbesondere mit dem Chartreuse-Massiv, ist die geologische Grenze weniger klar.
Als sich Botaniker vermehrt für die Verbreitung von Pflanzen zu interessieren begannen, sahen sie bald die Notwendigkeit, den Jura über seine geographische und geologische Definition hinaus auch als biogeographisches System zu beschreiben. Der Schweizer Geologe und Botaniker J. Thurmann (1804-1855) war unter den ersten, die eine genaue Umgrenzung für das Juramassiv vorgeschlagen haben. In seinem Hauptwerk Essai de phytostatique appliqué à la chaîne du Jura (1849) schlug er ziemlich genaue Grenzen des Gebirges vor. Er war der Meinung, das Massiv erstrecke sich von „Regensperg“ (Kanton Zürich) bis Grenoble (Isère) und habe seine südlichen Grenzen in den ersten Ausläufern der Chartreuse. Das Projekt Flora Jurana ist diesbezüglich gleicher Ansicht. Nach Thurmann lässt sich die Jurakette in Ost-, Mittel-, West- und Südjura teilen. Er definierte auch mehrere „Bezirke“ als natürliche Einheiten mit mehr oder weniger grosser Wichtigkeit: Zürcher-, Aargauer-, Solothurner-, Berner- (Porrentruy bis Biel), Elsässer (Ferrette, Belfort, Montbéliard), Neuenburger, Waadtländer-, Besançon- (Besançon und Doubs), Salins- (Salins-les-Bains und benachbarte Berge), Ledonischer- (Lons-le-Saunier und Berge), Bressan- (Bourg, Ceyseriat...), Genfer-, Bugey-, Savoyer- und Dauphiné-Jura. Die meisten dieser Bezeichnungen werden heute noch verwendet.
Auf diesen von J. Thurmann vorgeschlagenen Bezirken basiert das bekannte Werk von C.-H. Godet (1797-1879) „Flore du Jura ou Description des végétaux vasculaires qui croissent spontanément dans le Jura suisse et français“ (1852-1853), welches die Gefässpflanzen des Juras beschreibt.
A. Magnin (1848-1926) teilte den Jura in den „Archives de la flore jurassienne“ (1899) ähnlich wie Thurmann ein: Zürich (Lägern), Aargau, Solothurn, Basel, Neuenburg und Waadt, Plateau der Haute-Saône, Doubs, Jura, Idan, Bugey, Savoye (Vuache, Mont-du-Chat) und Dauphiné (île Crémieu). Im Mai 1900 schlug er dann eine neue und sehr weit gefasste Umgrenzung vor: "alle Juraketten und -hochebenen, die sich von der Chartreuse bis zu den österreichischen Alpen zwischen den Ebenen und Anhöhen der Dauphinié und der Bresse, der Saône, den dem Vogesen vorgelagerten Hügeln, dem Rhein, der Wutach, den Keuper-Höhen von Württemberg und Bayern...." erstrecken.
In seinem Verzeichnis über die Gefäßpflanzen des Juras (2000) lehnt sich J-F. Prost (1944-) an die von J. Thurmann und A. Magnin vorgeschlagene Gebietsumgrenzungn an: "vom Rhein bis Genf gehören zum Schweizer Jura die Regionen Aargau, Basel-Landschaft, Solothurn, Jura, Bern, Neuenburg, Waadt und Genf. Département Doubs: Berggebiet östlich des Doubs. Das ganze Département Jura. Ain: Hochkette, Haut-Bugey, Bas-Bugey, Ain-Ebene. Isère: Crémieu-Plateau. Haute-Savoie: Salève, Vuache, Montagne des Princes, la Mandallaz, Montagne d'Age, Mont Clergeon, La Biolle, Mont de la Charve, Mont du Chat, l'Èpine ".
Das Bezugsgebiet des Projekts Flora Jurana baut auf den Vorschlägen unserer Vorgänger auf. Das Projekt betrifft den französisch-schweizerischen, nicht aber den schwäbischen und fränkischen Jura. Es umfasst alle Kalksteinreliefs zwischen Dielsdorf (Zürich) und Voreppe (Isère). Im Osten zieht die Aare eine natürliche Grenze zwischen den Juraketten und dem Flachland, im Norden tut dies der Rhein und anschliessend das elsässischen Ried und die Lücke von Belfort. Der Elsässische Jura zwischen Ferrette und Lucelle sowie die Hügelgebiete östlich von Belfort (zwischen Danjoutin und Eguenigue) werden aber dazugerechnet. Weiter westlich kommt der Jura mit der subvogesischen Senke zwischen Héricourt (Haute-Saône) und Rougemont (Doubs) in Berührung, wo die Grenzen des Jura besonders verschwommen sind. In diesem Gebiet wird das Juragebirge geologisch zwischen dem Lias und dem Bajocium abgegrenzt. Der Lias bildet den Übergang zwischen dem Jura-Relief und dem Flachland und ist in der Landschaft deutlich zu erkennen. Weiter südwestlich, zwischen Rougemont (25) und Thervay (39), trifft der Jura auf die Kalksteinplateaus der Haute-Saône. In diesem Gebiet ist der Ognon eine geologische Schnittstelle zwischen den Jurakalksteinschichten und den alluvialen Sedimenten, die sanft am Fusse des Jura-Reliefs liegen. Dort beginnt sich der Jura mondförmig in Richtung nord-süd zu biegen und seine Grenzen werden komplexer. Es stellt sich die Frage, ob das Granitmassiv der Serre, ein Überbleibsel der herzynischen Kette, einbezogen werden soll oder nicht. Aus geomorphologischer Sicht handelt es sich um einen kristallinen Sockel, der wie ein Dorn die Sedimentdecke durchbohrt. Da die äusseren Bereiche des Massivs jedoch wieder aus Kalk aufgebaut sind und gegen Osten nahtlos in die Kalkgebiete von Avants-Monts übergehen, wäre ein Ausschließen des Granitmassivs unsinnig. Deshalb wird hier die Grenze des Juras zwischen den jurassischen Kalkgebieten und dem Schwemmland der Saône-Ebene gezogen. Südlich von Dole (39) ist die Grenze ebenfalls schwer zu definieren. Dort wird das bewaldete Massiv von Chaux miteinbezogen, das auf den Resten des pliozänen Deltas des ehemaligen Aare-Doubs entstanden ist, der in den Bressaner See mündende. Bereits früher wurde der Chaux-Wald von französischen Botanikern dem Jura zugerechnet. Weiter südlich, von Arc-et-Senans (Doubs) bis Pont-d'Ain (Ain), ist die geologische wie auch geographische Grenze des Jura zwischen Bresse und Revermont ziemlich offensichtlich. Hier entsprechen die Höhenlinien (meist 250 m. ü. M.) ziemlich genau den geologischen Grenzen. Von Ambérieu-en-Bugey aus kommen die Höhen der Bugey mit dem Rhonetal in Berührung und bilden die Grenze des Juras. Hier entsprechen die Höhenlinien recht genau dem Übergang vom Jura-Kalkstein zum Schwemmland und daher wird das südlicher gelegene Belley-Becken ausgeschlossen. Jedoch werden die kleineren Kalksteinmassive des Montagne de Parves und des Mont Tournier miteinbezogen. Wieder nordwärts ist die Grenze zwischen dem Bugey und dem Schwemmland des Rhonetals relativ klar. Die Abgrenzung zieht sich weiter bis nach Bellegarde-sur-Valserine, wo der Jura nach Osten abbiegt und den Vuache (Haute-Savoie) einschliesst. In seinem südlichen Ende ist der Jura "fragmentiert", wobei mehrere mehr oder weniger isolierte Plateaus oder Reliefs zum Juramassiv gezählt werden. Auch diese Abgrenzung wurde bereits von unseren Vorgängern so gezogen. Das südwestlich gelegene Crémieu-Plateau (Isère) ist vielleicht das am meisten vom restlichen Jura-Gebirge abweichende Gebilde, wird jedoch seit J. Thurmann immer zum Jura gezählt. Die Hügelkette von Ratz (Isère), welche sich von Voissant bis Voreppe erstreckt, ist die südliche Grenze des Juramassivs. Seine südöstliche Flanke stösst auf das Chartreuse-Massiv. Weiter nordöstlich, zum Teil an das Westufer des Lac du Bourget angrenzend, befindet sich der Chaînon du Bourget (Savoyen), darunter der Mont du Chat, der Mont de l'Épine und der Mont Grelle. Auf der anderen Seite des Lac Le Bourget zwischen Brison-Saint-Innocent und Seyssel erscheint das Chautagne-Massiv (Haute-Savoie und Savoie), zu dem unter anderem der Berg Montagne des Princes, der Mont Clergeon und La Biolle gehören. Im Osten, zwischen Annemasse und Annecy (Haute-Savoie) werden schließlich vier verschieden grosse, isolierte Ketten dem Jura zugerechnet. Davon die wichtigste ist der im Norden gelegene Salève, der sich von Annemasse bis Cruseille erstreckt. Südlich dieses Massivs befinden sich noch zwei kleine Erhöhungen, der Mont Pelé und die Crêt de la Dame, und zwei größere Gebirgszüge, der Mandallaz und der Montagne d'Âge. Von Fort-l'Écluse (Ain) aus verlaufen die Jura-Ausläufer südwestlich und nordöstlich bis nach Dielsdorf. Der Jura und das Molassebecken werden per Höhenlinien voneinander getrennt: 550m im Süden des Waadtländer Juras und der Gex-Region, 450m im Süden des Solothurner und Aargauer Juras und 400m im Norden des Basler Juras. Die Lägern, ein kleines peripheres Kalksteinmassiv, wird analog der südlichen Ketten ebenfalls dem Jura zugerechnet.