Les observations de l'atlas sont issues de la mise en commun des bases de données d'Info Flora, du Conservatoire botanique national de Franche-Comté - Observatoire régional des invertébrés (CBNFC) et du Convervatoire Botanique National Alpin (CBNA).

Une grande partie des données de ces trois centres sont issues des observations transmises par les organismes suivants :

Pour la Suisse

• Cercle vaudois de botanique et du projet d'Atlas de la flore vaudoise
• Université de Lausanne (UNIL) · Ecospat Spatial Ecology Group
• Canton de Neuchâtel, Service de la faune, des forêts et de la nature
• Groupe d'étude floristique du Jura et du Jura bernois
• Association Parc régional Chasseral
• Naturmuseum Solothurn
• Naturforschende Gesellschaft in Basel
• Datenbank Flora Aargau

Pour la région de Franche-Comté

• Conservatoire d’Espaces Naturels de Franche-Comté
• Fédération Départementale des Chasseurs du Doubs
• Fédération Départementale des Chasseurs du Jura
• Fédération Régionale de Défense Contre les Organismes Nuisibles de Franche-Comté
• Jura Nature Environnement
• Ligue pour la Protection des Oiseaux de Franche-Comté
• Office National des Forêts
• Réserve Naturelle Nationale du Lac de Remoray
• Société Botanique d’Alsace
• Société d’Histoire Naturelle de Champagnole
• Société d’Histoire Naturelle du Doubs
• Société d’Histoire Naturelle du Pays de Montbéliard
• Société des Naturalistes du Haut-Jura
• Société Française d’Orchidophilie
• Société Mycologique et Botanique Doloise